高通量测序助力疫情病原体快速确定
新型冠状病毒还在肆虐，让人们不禁想起年的非典。17年后的今天，基因检测技术飞速发展，对病毒研究的不断深入，也使得我们能在短时间内识别此次致病病原体，并为我们赢得了及早防控的时间，避免了病毒更大规模地扩展。
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此次新型冠状病毒的快速确认很大程度上依赖于基因测序技术，特别是高通量测序技术。此外，基因测序也被指定为新型冠状病毒的诊断手段之一。在新冠病毒诊疗方案（试行第五版），在诊断标准中，明确指出：
（二）确诊病例。
疑似病例，具备以下病原学证据之一者：
1.呼吸道标本或血液标本实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性；
2.呼吸道标本或血液标本病毒基因测序，与已知的新型冠状病毒高度同源。
可见，基因测序不仅在新型病原体发现中起着决定性的作用，在病原体诊断中也有着重要作用。接下来小编从高通量测序在临床诊断中的应用、高通量测序测序平台以及高通量测序实验室建立几个方面，医院需要具备的新技能。
02高通量测序在临床诊断中的应用
在临床诊断中，高通量测序可以分为两种方式，一种是鸟枪法宏基因组测序，一种是靶向测序。
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鸟枪法宏基因组测序，通过直接从临床样本中提取全部微生物的核酸，构建文库，进行高通量测序，之后与数据库进行比对，从而获取样本中病原体信息。
鸟枪法宏基因组测序的对象是样本中的总核酸，不需要对微生物进行分离培养和纯化，这对我们认识和利用95%以上的未培养微生物提供了一条新的途径。在对于未知病原体感染的临床重症，鸟枪法宏基因组测序能够快速找到相应的病原体，为疾病的后续治疗提供依据。
靶向测序，则将测序对象更精细化，只对感兴趣的病原体进行测序，能够提高检测的灵敏度和准确度，在常规感染与抗生素耐药性鉴别中优势明显。
宏基因组测序
靶向测序
描述
直接对临床样本的核酸进行高通量测序，之后与数据库进行比对，获取样本中病原体信息
从临床样本的核酸中，使用探针捕获，或引物扩增的方式，对几种甚至几千种的病原体核酸进行高通量测序，之后与数据库进行比对，获取样本中病原体信息
特点
无偏好性，可以一次检测出样本中所有潜在病原体，包括细菌，病毒，真菌，寄生虫等
增加测序数据中感兴趣的病原体信号，敏感性更高
应用场景
感染疑难杂症，或免疫缺陷患者（潜在的感染谱更广）
常规感染，抗生素耐药性鉴别
03高通量测序测序平台介绍
目前高通量测序平台生产有Illumina（因美纳），ThermoFisher和华大三家公司，其中“Illumina（因美纳）”对于高通量测序从业人员来说，是一个众所周知的词汇。
作为全球高通量测序系统生产的领先企业，Illumina（因美纳）公司自年进入基因测序市场至今，已陆续发布了一系列各具特色的测序系统并在市场上广泛应用。并于年1月13日，在JP摩根健康大会（JPM）发布了最新的NextSeq?和NextSeq?测序系统。
IlluminaNextSeq测序系统
1月30日线上发表在《Lancet》杂志上的文章《Genomiccharacterisationandepidemiologyofnovelcoronavirus:implicationsforvirusoriginsandreceptor》中，提到的国家CDC测序策略也是在Illumina（因美纳）的测序平台MiSeq或iSeq上进行的。
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