崔恒宓教授专访非编码RNA及内源性病

百迈客生物科技有限公司成立于年5月,基于高通量基因测序技术和生物信息技术,提供包括科研服务和生物云平台等服务。医学研究事业部自成立以来主要服务于以人和鼠为研究对象的科研工作者,秉承“一对一专业方案设计及深度结果解读”的服务理念,核心产品包括转录组测序、ncRNA测序、全转录组测序、外泌体RNA测序、全基因组重测序、全外显子组测序、全基因组甲基化测序、简化甲基化测序、ONT平台三代全长转录组测序和三代全基因组重测序等。

年11月8日,在百迈客生物科技有限公司举办的第五届全国功能基因组学高峰论坛,我们有幸邀请到了崔教授,并借此机会采访了崔教授。崔教授为我们分享了非编码RNA及内源性病毒相关的研究经历及研究现状和展望。

1、众所周知,lncRNA是不具有编码蛋白潜力的RNA分子。lncRNA可在表观遗传学水平(包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑等)或作为ceRNA/顺式/反式调控等方式参与转录后水平基因表达调控,参与基本生命活动和疾病的发生发展过程。我们了解到您的研究涉及反义lncRNA,能简单谈谈什么是反义LncRNA,其主要发挥什么样功能?

我在美国霍普金斯大学工作期间,08年在《Nature》杂志发表了一篇文章,发现白血病抑癌基因p15具有反义lncRNA,所谓反义RNA是相对于正义基因(往往编码蛋白)而言,转录方向与其相反,大多为lncRNA(反义lncRNA可以顺式调控正义RNA表达)。回国后继续开展这方面研究。最近有一个反义RNA表观遗传方面国家自然科学基金项目,针对肝癌等消化道肿瘤,通过lncRNA基因组测序筛选反义RNA,相信后面会有一些更重要的结果出来。

补充:YuW,GiusG,OnyangoP,KarpJ,FeinbergAPandCuiH*,Epigeneticsilencingoftumorsuppressorgenep15byitsantisenseRNA,Nature,;:-:天然反义RNA可以是肿瘤发生中抑癌基因沉默(异染色质形成和DNA甲基化)的触发因素。

2、您的研究涉及内源性反转录病毒的作用和功能,什么是内源性反转录病毒?目前主要参与哪些功能?

很多人对于内源性反转录病毒比较生疏,还存在一些误解或理解不透彻,比如专门做病毒或者微生物、免疫学的,会认为所有在人基因组或者动物基因组内存在的所有病毒都属于内源性病毒,这种说法是错误的。所谓内源性病毒指天然的、经过上万年长期进化形成的固有的序列。有人提出假说,在进化史上被病毒感染后,病毒序列插入在基因组中,经过上万年进化后形成的固有基因组序列。目前此方面研究较少。内源性反转录病毒序列属于陈润生院士提到的基因组97%的了解不够清楚的非编码RNA,不像编码序列(约2-3%)研究得那么清楚。内源性病毒序列占基因组40%,我研究的是其中8%的内源性反转录病毒。我很久前认为内源性病毒序列很重要。我们不知道它有什么功能,不能主观认为它没有功能或有害,需要通过研究确定它到底有没有功能。13年我回扬大后开始从事这方面工作,也拿到相关国自然基金。15年,美国连续出了4篇文章都是关于内源性病毒的,2篇CELL和2篇Nature,当时我们是一喜一忧,喜的是我的假说被证实,忧的是发表的文章将影响我们研究结果的意义。他们发现内源性病毒通过激活天然免疫通路,发挥抗肿瘤作用。我们转向抗病毒方面研究,发现内源性病毒确实和天然免疫有关,而且具有抗病毒作用。当然这方面还需要继续开展深入研究。

3、您的报告中提到基因组中的内源性反转录病毒在抗癌和抗病毒防御具有重要作用,并为未来的抗病毒解决方案提供了新的策略。美国科学家也发现其有抗肿瘤作用。这方面有没有可能向临床转化?

要向临床转化应用,目前还有许多更深入的研究工作需要做。动物水平和临床医学研究是不一样的。在动物水平,比如我们研究内源性鸡白血病病毒,它本身是与肿瘤有关系的,能够导致鸡的白血病,和人的白血病有相似之处。首先,我们在动物上是可以应用的。我们有2个品系:白血病病毒抗性和敏感性品系。发现在生命早期,两种不同品系内源性反转录病毒表达水平是有差异的,有可能在白血病病毒抗性方面内源性反转录病毒可以发挥作用。在动物抗病育种上可能有应用前景。我认为经过大量研究,将来有可能转化在人类医学中应用。

4、外源性病毒比如感染人体的病毒,其非编码RNA(ncRNA)分子如lncRNA这块似乎少见有研究,您是否有







































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