新发现能自动进行病毒宏基因组分类的应

近日,美国俄亥俄州立大学的研究人员使用基因共享网络构建了一个应用程序(vConTACTv.2.0)来自动对病毒进行分类,论文刊登于Naturebiotechnology杂志。它有一个新的集群算法、集群的置信度评分和网络分析,它们一起实现了自动化,改进了病毒分类分配,并可扩展到更大的数据集。

每一种环境中的微生物都含有大量未培养的古生菌和细菌病毒,但由于缺乏一个通用的、可扩展的分类框架,对这些病毒的研究受到了阻碍。

研究人员在论文中介绍了vConTACTv.2.0,它是一个基于网络的应用程序,利用全基因组基因共享配置文件进行病毒分类,集成了基于距离的分级聚类和所有分类预测的置信度分数。该研究报告了现有属水平的几乎相同(96%)的病毒分类任务的复制。研究人员应用vConTACTv.2.0于1,种以前未分类的病毒作为参考基因组,对1,种病毒中的种进行了自动的、高度可信的属鉴定。研究人员还用该程序分析了15,个全球海洋病毒基因组片段,并对其中31%的数据进行了分类分配,表明他们的算法可以扩展到非常大的宏基因组数据集。

看上去像网络的病毒基因组分类

总之,此分类工具可以自动化,并为了分类的目的,可应用于来源于任何环境的病毒宏基因组。

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