圆环病毒的代表性疾病有：猪断奶后多系统衰竭综合症、母猪繁殖障碍、断奶猪和育肥猪呼吸道疾病、猪皮炎肾病综合症、猪腹泻综合征以及仔猪的中枢系统疾病。
一、PIDS（猪免疫缺陷综合症）
1：猪机体抵抗力降低，更易继发感染其他病原，这也是圆环病毒与猪的许多疾病混合感染有关的原因。
2：对减弱疫苗或低致病性微生物可以引起发病。
3：接种疫苗后不产生免疫应答。
4：重复发病，对治疗无应答性。
二、PMWS（猪多系统衰竭综合症）
最常见的是猪只渐进性消瘦或生长迟缓，这也是诊断PMWS所必需的临床依据，其他症状有厌食、精神沉郁、行动迟缓、皮肤苍白、被毛蓬乱、呼吸困难、咳嗽为特征。较少发现的症状为腹泻和中枢神经系统紊乱。发病率一般很低而病死率都很高。
四季均可发生，主要危害断奶后2～3周的仔猪（40～70日龄）。实行早期隔离断奶的猪场，仔猪也有该病的发生。病毒可随粪便和鼻腔分泌物排出体外，经消化道传播或者可能经胎盘垂直传染仔猪，发病率和死亡率不定；呈地方性流行时，发病率和死亡率均较低，但急性爆发时，发病率可达50%，病死率高达20%～30%。
三、PRDC（猪呼吸道疾病综合症）
指育肥猪的顽固性肺炎，难以根治，极易反复，最后因肺衰竭继发其他感染而死。一般情况下是以圆环病毒为主，肺炎支原体、猪流感、繁殖与呼吸综合症、巴氏杆菌、副猪嗜血杆菌、胸膜肺炎放线杆菌等继发感染的呼吸道严重疾病。死亡率可达20%以上。
四、PDNS（猪皮炎和肾病综合症）
在英格兰的一次PDNS暴发，发病率达14%，而死亡率可至30%。最近在上海郊区该病的发病率达11%，而死亡率达40%，该病多发生于12-14周龄。病猪表现为厌食、呆滞、苍白、发热、结膜炎，呼吸困难、腹泻，消瘦。皮肤上出现圆形或不规则坏死灶。
五、PDS（猪腹泻综合症）
饲养的育肥猪在很多情况下出现久治不愈的不明原因腹泻。其临床表现为腹泻与正常排便交替出现，用药效果不明显，反复迁延。病因则是圆环病毒损害肠道组织，肠道组织功能衰竭，肠壁萎缩，引起的慢性肠炎，这种肠炎治疗非常困难。
六、繁殖障碍
感染母猪表现为流产、死产、木乃伊胎增多、断奶前死亡率上升等。
